在聯盟行銷產業三年中，最常發生的事情是廣告主會把聯盟行銷與一般媒體購買相提並論。不外乎比的是是否有效？多久會有效？以及可以帶多少成效？但忽略了經營聯盟行銷的操作方式與媒體購買的思維差異有大。
首先，最大的區別在於「行為」。媒體購買的行為是透過大數據演算法的方式去推論預估抓取適合的消費者並投放廣告以吸引消費者點選廣告並進行購買。而聯盟行銷的行為是透過一群人/網站與消費者之間的關係建立，取得消費者的信任感後，消費者能夠放心購買。
再來，第二區別在於「反應時間」，媒體購買因透過科技可以快速把廣告主的資訊提供給消費者，用最快的速度以及最大的概率來達成成效，畢竟希望廣告主不斷投入金錢。
聯盟行銷則是透過人來傳達廣告主的相關訊息，而推廣者是否對廣告主有興趣？對廣告主夠了解和認識？對廣告主是否認同？預計何時行動？打算操作？以及操作多久？等多個因素而影響著成效。推廣者在網路上建置廣告主相關的內容和導流連結，透過合作時間，一步一腳印的增加，廣告主只能耐心等候並透過推廣者的推廣數據來調整 CPA 的合作條件。因此聯盟行銷都需要拉長觀察期才能查看出成效。
第三區別在於「支出」，媒體購買希望廣告主能不斷使用他們的行銷工具，因此廣告主相對地也不斷投入廣告預算並承擔風險。而為了讓廣告主能夠不段的投入廣告預算，相對的媒體購買的成效不會太差。但今天如果沒有了廣告預算，那廣告主就失去了任何讓消費者認識和看見的機會。
聯盟行銷因透過人在網路上傳遞，凡走過必留下痕跡，因此每位推廣者努力在網路上協助廣告主宣傳和曝光，透過自己的風格/方式撰寫相關內容，或是放置相關廣告於自己經營的頻道/網站，這些種種作法，都會讓廣告主的資訊永遠存在（關閉網站或是相關媒體不在此討論範圍中），因此只要消費者有相關的搜尋都有機會看見廣告主，並透過導流連結快速進到廣告主的網站中消費，廣告主只需要支付確認的成效費用即可，都是確立有成效了才需要支出。
第四區別在於「優化」，聯盟行銷因透過眾多推廣者於網路上建置導流連結，而這些導流連結對於廣告主而言都是所謂的反向連結（就像是網站的推薦人），因此對於網站整理的 SEO 來講有所幫助，因此進階著也幫助廣告主在下廣告的時候有好的影響和節省廣告預算。
因此，想經營聯盟行銷的廣告主們，千萬不要心急，網路行銷工具有百百種，不管是媒體購買或是聯盟行銷，對於廣告主們都是有所幫助，而幫助的層面也有所不同，但雞蛋不要放在同一個籃子裡，適當的撥出部分預算和人力經營聯盟行銷，有機會讓你再未來可以越花越省。
